De skulle föras till en djurpark, men ingen av de sex lät sig luras att gå in i de fällor som placerats ut på ett militär övningsfält nära Ohrdruf i delstaten Thüringen.
– Därmed hade vi plikt handla, säger miljöminister Anja Siegesmund, från partiet De Gröna till tidningen Bild.
Låg död vid ett järnvägsspår
En fjärde hybrid har påträffats död på ett järnvägsspår nära staden Gotha.
Myndigheterna såg sig tvungna agera för att skydda vargstammen från mot att blandas upp med hundgener.
Var de två övriga hybriderna finns framgår inte. Att skjuta hybriderna sammanhänger med att de var tillräckligt gamla för att söka nya revir.
Det finns inga uppgifter om var vargtiken, som parade sig med en hund, nu håller till.
En miljon för att fånga hybriderna
Försöken att infånga hybriderna, och förbereda djurparken för hybriderna har hittills kostat cirka 100 000 euro, cirka en miljon svenska kronor, enligt nyhetsportalen Proplanta.
Djurrättsaktivister har protesterat mot att hybriderna skulle skjutas. Det har även framförts hot mot de jägare som ställer upp på att avliva varghybriderna.
– Vi kräver vi stöd från politiker och samhälle, kommenterade Frank Herrman, som representerar jägarna i Thüringer Landesjagdverband.